Il est l'un des nombreux fonctionnaires de l'administration Condé poursuivis par la Cour de répression des infractions économiques et financières, un tribunal spécial mis en place après l'arrivée au pouvoir de la junte guinéenne.

Il a été Premier ministre de mai 2018 à septembre 2021, lorsque les militaires ont pris le pouvoir, et est détenu depuis avril 2022 à la suite de son arrestation pour corruption. M. Fofana a nié les accusations, que ses avocats ont qualifiées de chasse aux sorcières.

Son procès, qui a duré des années, a été ralenti par la détérioration de son état de santé. Il a demandé l'autorisation de se rendre à l'étranger pour y recevoir un traitement médical, mais sa demande a été rejetée à plusieurs reprises. La Guinée est l'un des nombreux pays d'Afrique de l'Ouest, dont le Mali, le Niger et le Burkina Faso, où les militaires ont pris le pouvoir et retardé le retour à un régime civil.

Le colonel Mamadi Doumbouya, chef de la junte, a renversé le président en 2021, reprochant au gouvernement précédent de ne pas avoir tenu ses promesses, tout en promettant de débarrasser le pays de la mauvaise gouvernance et de la corruption. Toutefois, les défenseurs des droits ont mis en garde contre une répression croissante des critiques et des libertés.